לאחר ששוחרר מאורלנדו והפך לשחקן חופשי, הואשם אוניל בכך שהוא מתעסק יותר מדי בסרטים ובאלבומי ראפ, במקום בכדורסל. בקיץ של 1996 הוא זכה עםנבחרת ארצות הברית במדליית זהב באולימפיאדת אטלנטה, ולאחר האולימפיאדה הצטרף לקבוצת לוס אנג'לס לייקרס. בעונתו הראשונה בלייקרס, 1996/1997קלע אוניל 26.2 נקודות למשחק ונבחר לחמישייה השלישית של העונה, אך קבוצתו הפסידה בסדרת חצי גמר פלייאוף המערב ליוטה ג'אז. בעונת 1997/1998צורפו לקבוצה שחקני המפתח ריק פוקס ורוברט הורי. השילוב של אוניל יחד איתם התברר כמוצלח והקבוצה ניצחה 61 משחקים בעונה הסדירה, אך בגמר המערב הובסה 4-0 על ידי יוטה. אוניל נבחר בעונה זו, לראשונה בקריירה שלו, לחמישייה הראשונה של העונה, לאחר מספר בחירות לחמישייה השנייה והשלישית.
בעונת 1998/1999, עם השילוב של אוניל ושל הכוכב הצעיר קובי בראיינט, נתלו ציפיות רבות בהצלחתה של הלייקרס. אף על פי כן, הלייקרס סבלה מבעיות רבות לאורך העונה, בהן עזיבת מספר שחקנים ותיקים ופיטורי המאמן דל האריס, והתקשתה להעפיל למשחקי הפלייאוף. היא סיימה את דרכה בפלייאוף לאחר הפסד בסיבוב השני לסן אנטוניו ספרס של טים דאנקן ודייוויד רובינסון, שהמשיכה לזכייה באליפות.
בקיץ של 1999 מונה פיל ג'קסון למאמן לוס אנג'לס לייקרס. עונת 1999/2000 הייתה עונת השיא של אוניל. הוא סיים עם הלייקרס במקום הראשון בליגה בעונה הסדירה עם 67 ניצחונות, ובנוסף זכה לראשונה בקריירה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה ב-NBA ונבחר לחמישייה הראשונה של העונה. הוא זכה גם בתואר מלך הסלים עם 29.7 נקודות בממוצע למשחק, וסיים במקום השני בדירוג הריבאונדים (13.6 בממוצע) ובמקום השלישי בחסימות (3 בממוצע). הדרכתו של ג'קסון הביאה לשיפור גדול ביכולת ההגנתית של אוניל, מה שהתבטא בזכייתו בבחירה ראשונה בקריירה לחמישיית ההגנה השנייה של העונה.
במשחקי הפלייאוף של אותה עונה ניצחה לוס אנג'לס את סקרמנטו קינגס בסיבוב הראשון, את פיניקס סאנס בחצי גמר המערב, ואת פורטלנד טרייל בלייזרס בגמר האזור המערבי. בסדרת הגמר של ה-NBA, מול אינדיאנה פייסרס, השיג אוניל ממוצעים גבוהים מאוד של 38 נקודות ו-16.6 ריבאונדים והוביל את הלייקרס, יחד עם בראיינט, לניצחון 2-4 בסדרה ולזכייה באליפות הליגה. הייתה זו האליפות הראשונה בקריירה של אוניל, כשבנוסף הוא זכה בתואר ה-MVP של סדרת הגמר.
בעונת 2000/2001 קלע אוניל 28.7 נקודות והוריד 12.7 ריבאונדים בממוצע למשחק, ונבחר שוב לחמישייה הראשונה של העונה, אף שאיבד את תואר ה-MVP לאלן אייברסון. גם בעונה זו הוא הוביל את הלייקרס לזכייה באליפות לאחר ניצחון 1-4 על פילדלפיה 76' בסדרת הגמר, שבסיומה זכה פעם נוספת בתואר ה-MVP של הסדרה. בעונת 2001/2002, על שממוצעי התפוקה שלו היו נמוכים יותר מאשר בעונות הקודמות, הוא הוביל את הלייקרס לאליפות שלישית ברציפות ושלישית בקריירה שלו. הוא זכה גם בתואר שלישי של ה-MVP של סדרת הגמר, בה הביסה לוס אנג'לס את ניו ג'רזי נטס, ונבחר לחמישיית העונה.
בעונת 2002/2003, הראשונה שלאחר שלוש האליפויות הרצופות, הודח אוניל עם קבוצתו על ידי סן אנטוניו בחצי גמר המערב. בעונת 2003/2004 הצטרפו לקבוצה גארי פייטון וקארל מלון ששיפרו את סיכוייה לזכייה בתואר. אוניל סייע ללייקרס להעפיל עד לסדרת הגמר, אך שם היא הפסידה בתוצאה 4-1 לדטרויט פיסטונס.
